Napustivši tako Egipat, “u nadi”, kako sam pisaše kasnije nasledniku aleksandrijskog trona patrijarhu Fotiju, “da će primiti pravdu u dan u koji. bude hteo Gospod”, – ovaj nezlobivi pastir slovesnog stada stiže u Atinu. Namera mu je bila da produži za Svetu Goru i da u njoj ostane, ali na savete prijatelja zadrža se u Grčkoj. Bio je bez sredstava za život; sve što je imao u Egiptu bio je razdelio sirotinji i upotrebio za štampanje dušekorisnih knjiga, a uz to bila su mu uskraćena sva arhijerejska primanja od momenta samog rukopoloženja. Tako ostade godinu dana u Atini, ni kod koga ne nalazeći razumevanja niti službe. A i to bi da bi Bog isprobao njegovo trpljenje i da bi njegova svetiljka što jače zasijala. Na kraju ga odredi Sveti Sinod Grčke Crkve za putujućeg propovednika u Evijskom srezu, njega koji je bio ukras Aleksandrijskog trona! On to primi sa smirenjem, vršeći savesno svoju dužnost. Posle dve godine bi premešten u Ftiotidsku i Fokidsku oblast, propovedajući i tu blagu vest Hristovu. Reč njegova bila je snažna i prosta a narav smerna i bratoljubiva, tako da je narod s radošću slušao blagu vest spasenja iz njegovih svetih usta.
Tu ostade Sveti godinu dana propovedajući i učeći narod, a potom bi postavljen za upravnika Rizarijeve Bogoslovije u Atini, gde ostade sve do podnošenja ostavke (1908. g.), koju podnese iz zdravstvenih razloga i radi želje da se povuče u manastir. Ova poznata Bogoslovija, koja je dala veliki broj vrsnih trudbenika u vinogradu Gospodnjem i radnika na prosvećivanju narodne duše, pre njegovog dolaska ne beše nažalost u dobrom poretku i stanju. Preuzevši školu u svoje ruke, on, zbog svog svetog života i izuzetnog obrazovanja i crkvenog i svetovnog, zbog načina ophođenja i prema učenicima i prema svim ostalim u školi, zadahnu školu novim duhom, zadobivši poverenje svih. Novi Rektor istovremeno je upravljao školom i predavao Pastirsko bogoslovlje i druge predmete, pisao brojne dušekorisne spise i bio duhovni otac, i to ne samo onih u školi već i mnogih van nje. Živeo je životom prostog monaha, smireno i sa poštovanjem se odnoseći prema svima, malima i velikima. I dalje je propovedao neumorno slovo Božje u školskoj kapeli, gde su mnogi dolazili i sa strane da čuju njegovu reč punu sile i mudrosti, da se ispovede kod njega i prime očinski savet. Često je služio i propovedao i van škole u hramovima Agine i Pireja. Njegova ličnost i reč privlačili su duše kao magnet gvožđe, njegova pouka ostavljala je duboke tragove u srcima ljudi, jer je bila “delatna i solju začinjena”.
Kakav je bio njegov odnos prema svima kao i prema potčinjenima, svedoči sledeći dirljivi primer. Jedan siromašni služitelj po imenu Lukijan razbole se i bi smešten u bolnicu, gde ostade nekoliko meseci. Izišavši iz bolnice posle dugog bolovanja, on je smatrao da je na njegovo mesto neko drugi postavljen. Budući u velikom strahu, on jedno jutro porani da vidi ko to održava tako čistu školu u njegovom otsustvu. Na svoje zaprepašćenje on nađe Mitropolita i upravitelja škole Nektarija, kako čisti školske hodnike i klozete. Naime, sve vreme bolovanja ovog služitelja, Svetitelj bi ustajao pre svih, da ga niko ne vidi, i vršio dužnost otsutnog čistača, ne želeći da ga ostavi bez posla i parčeta hleba. Sveti Upravitelj zapreti strogo dotičnome da o tome ne govori nikome, inače će ga, reče mu, onog momenta otpustiti iz službe. Ovaj, duboko dirnut takvom svetiteljevom ljubavlju, celiva njegovu sv. desnicu i nikome ne kaza o tome sve do Svetiteljevog upokojenja.
Takođe je ovaj prognani Arhijerej pomagao tajno i siromašne đake i druge siromahe, ne zaboravljajući ni ostrvo Hios, na kome je nekad službovao i primio angelski obraz i đakonski čin. Osobito se starao o školi u kojoj je nekad bio učitelj, sam i preko dobrotvora, kao i o svom manastiru sa kojim je bio u stalnoj vezi. Jednom rečju, njegova sveta ličnost i prolazak kroz Atinu i Pirej i druga mesta Grčke, bio je blagoslov Boga “koji pohodi narod svoj” preko ovog novojavljenog Svetitelja. Kao “žar duhovnog ognja” on ožive propoved, koja beše zamrla; u mnogim dušama razgore ljubav Božju i udahnu božansku toplinu u život Crkve i u međuljudske odnose.