Pošto je tada bio maloletan, kraljevska vlast preneta je na Namesništvo, na čelu sa knezom namesnikom Pavlom Karađorđevićem.
Krunisanje kralja Petra II
27 mart 1941. godine
Početak Drugog svetskog rata (1939) stavio je Kraljevinu Jugoslaviju pred tešku odluku: da li da pristupi Trojnom paktu (Nemačka — Italija — Japan) ili da se suprotstavi neuporedivo snažnijem neprijatelju. Odluka kneza Pavla da potpiše ponuđeni ugovor naišla je na žestoke proteste u zemlji, koji su 27. marta 1941. doveli do krize Vlade i vojnog udara. Kralj Petar Drugi proglašen je punoletnim, i odmah preuzeo vlast od Namesništva.
Kriza jugoslovenske vlade
13 april 1941. godine
Nemci su 13. aprila probili poslednju liniju odbrane kod Konjarnika i umarširali u Beograd, gde su ispred Narodne Skupštine organizovali paradni defile. Bio je to treći ulazak Nemaca u Beograd u 20. veku. Na jugoslovenskoj strani počela su međusobna ispitivanja i trvenja ko je kriv za tako munjeviti slom. Dušan Simović je podneo izveštaj o vojnoj situaciji koju je predstavio kao veoma tešku, ali ne i bezizlaznu. Govorilo se o produžetku borbe na novom frontu Sava – Drina. O mogućnosti eventualne kapitulacije nije bilo ni pomena, iako su mnogi ministri zaključili da je situacija mnogo gora nego što ju je Simović predstavio.
Za vreme svog izbeglištva, kralj Petar II je dovršio školovanje u Kembridžu, a potom se pridružio snagama britanskog Kraljevskog ratnog vazduhoplovstva.
Pokušavao je, bezuspešno, da ujedini razjedinjene Srbe.
Jugoslovenska vojska bila je potpuno nespremna da se odupre invaziji nacističke Nemačke koja je usledila, i Jugoslavija je za jedanaest dana bila okupirana. Kralj Petar II bio je primoran da sa Nikšićkog aerodroma, zajedno sa Vladom, emigrira, prvo u Grčku, a zatim u Egipat i Englesku.
Kralj Petar II Karađorđević oženio se grčkom princezom Aleksandrom, 20.3.1944. godine. Kraljica Aleksandra bila je poslednja kraljica Jugoslavije, zemlje u kojoj nikada nije boravila.
U okupiranoj Jugoslaviji postojala su dva pokreta otpora, Rojalistički i legitimistički pokret opora, na čelu sa đeneralom Dragoljubom Dražom Mihailovićem, i komunistički pokret koji je predvodio Staljinov sledbenik Josip Broz Tito. Rojalisti su želeli da obnove monarhiju i demokratsko građansko društvo, a komunisti su hteli da na silu osvoje vlast i zavedu komunističku diktaturu u posleratnoj Jugoslaviji. Izmeću ova dva pokreta vodio se krvavi građanski rat. Od kraja 1943. godine, britanski premijer Vinston Čerčil, svu vojnu i političku podršku upućuje Titu, računajući da će ga tako pridobiti za sebe. Time je samo omogućio komunistima da pobede rojaliste. Zbog ovakvih stavova predsednika Čerčila, mnogi su osuđivali kralja Petra II.
Prema podacima iz Memoara koje je napisao, kralj Petar II imao je nekoliko sastanaka sa američkim predsednikom Ruzveltom i sa engleskim predsednikom Čerčilom. Međutim, i pored svih razgovora sa ovim državnicima, pokazalo se da su sudbine malih naroda potpuno nebitne za velike sile, koje se isključivo bore za svoje interese.
Svoju naklonost Srpskoj crkvi i osudu komunizma, ponavljao je više puta, kao i u govoru u Bilefeldu, 6. septembra 1964. godine.